17 Nisan 1987 tarihinde üniversitesindeki öğretim üyeliği görevinde istifa eden Bahçeli, 19 Nisan 1987 tarihinde yapılan MÇP Büyük Kurultayında parti yönetimine seçildi ve Genel Sekreterlik görevine getirildi.
MÇP ve MHP’nin yönetim kadrolarındaki görevi uzun yıllardır sürdüren Bahçeli, çeşitli zamanlarda Genel Sekreterlik, Genel Başkan Yardımcılığı, Merkez Yürütme Kurulu Üyeliği, Merkez Karar Kurulu Üyeliği, Genel Başkan Baş-Danışmanlığı görevlerinde bulundu ve 6 Temmuz 1997 tarihinde yapılan MHP 5. Olağanüstü Kongre sonrasında Genel Başkanlığı görevini üstlendi. 1999’da yapılan genel seçimlerde MHP’nin ikinci parti çıkması üzerine DSP ve ANAP ile koalisyon hükümetinde devlet bakanı ve başbakan yardımcılığına geldi. 2002 genel seçimlerinde partisi baraj altında kalınca milletvekili seçilemedi. 2007 Türkiye genel seçimlerine Milliyetçi Hareket Partisi Genel Başkanı olarak katıldı. Partisinin barajı geçmesiyle birlikte yeniden milletvekili olarak meclise girdi. 24. Dönem Osmaniye Milletvekili olarak TBMM’ye tekrar girmiştir.